Кафедра нелинейной физики СГУ была основана в ноябре 1998 г. по инициативе ректора СГУ члена-корреспондента РАН, профессора Д.И. Трубецкова, который был ее первым заведующим. Первоначально она называлась кафедрой нелинейных процессов, а с 28 февраля 2000 г. обрела свое нынешнее название.
В 2000–2014 гг. кафедрой заведовал доктор физико-математических наук, профессор Ю.П. Шараевский. Среди первых сотрудников кафедры — профессора Ю.И. Лёвин (декан ФНП), Б.С. Дмитриев, доценты Е.Н. Бегинин, А.А. Князев, Н.Б. Ковылов, Л.В. Красичков, Е.С. Мчедлова, А.Г. Рожнёв, Н.М. Рыскин, Е.П. Селезнев. В эти годы сформировалась учебная и научная тематика кафедры, были создан физический практикум с лабораториями «Физические основы механики. Колебания и волны», «Молекулярные явления и термодинамические процессы», «Электромагнитные явления», а также другие учебно-научные лаборатории. Первоначально кафедра выпускала студентов по специальности «Физика», а с 2004 г. (выпуски 2009–2012 гг.) — по уникальной специальности «Физика открытых нелинейных систем», подготовка по которой осуществлялась только на ФНП СГУ.
В связи с переходом к двухуровневой образовательной системе (бакалавриат/магистратура), с 2009 г. кафедра начала осуществлять подготовку студентов по направлению «Прикладные математика и физика». Первый выпуск бакалавров состоялся в 2013 г., причем из 13 выпускников 10 получили дипломы с отличием. В 2016 г. состоялся первый выпуск магистров.
С 2014 по 2018 кафедрой заведует д.ф.-м.н., профессор Н.М. Рыскин, с 2018 г. кафедрой заведует к.ф.-м.н., доцент
Коллектив кафедры (2014 г.). Cлева направо: доцент Е.Н. Бегинин, ассистент Д.В. Романенко, доцент А.Г. Рожнев, зав. лабораторией Л.А. Захарова, зав. кафедрой проф. Н.М. Рыскин, инженер Т.А.Медведева, проф. Б.С. Дмитриев, доцент М.А. Морозова, доцент Н.Б. Ковылов, проф. Ю.П. Шараевский, ассистент Т.А. Каретникова, доцент А.В. Савин.
